普通的PCR儀
把一次PCR擴增只能運行一個特定退火溫度的PCR儀，叫傳統的PCR儀，也叫普通PCR儀。
它是由主機，加熱模塊，PCR管，熱蓋，控制軟件組成。根據DNA的片段高溫解鏈，降溫配對聚合原理，通過循環改變加熱模塊的溫度，微量不易于分辨的的DNA的片段進行擴增成大量的DNA的片段，從而對其進行分析鑒定。根據需要可結合電泳儀，水平電泳槽，一起應用。如果要做不同的退火溫度需要多次運行。主要是做簡單的，對目的基因退火溫度的擴增。
該儀器主要應用于醫學臨床檢驗，食品檢測，科研機構，高等院校教學對遺傳變異，基因表達等進行研究。
梯度PCR儀
把一次性PCR擴增可以設置一系列不同的退火溫度條件（溫度梯度），通常12鐘溫度梯度，這樣的儀器就叫梯度PCR儀。
工作模式和原理同普通PCR儀一樣，它出了又普通PCR儀的功能外還多了一個梯度退火功能。DNA的片段的擴增對溫度的控制精度要求特別高，不同的DNA的片段其退火溫度不一樣，通過計算DNA的片段中的CG堿基的含量只能初步的判斷出較為優退火溫度在+5℃范圍內，如果用普通PCR儀進行研究，需重復擴增很多次，然后做電泳進行分析來確定較為優退火溫度。而梯度PCR儀則只需要一次就可以完成，在節省了時間的同時提高了實驗的可靠性和準確性。主要用于研究未知DNA退火溫度的擴增，這樣節約成本的同時也節約了時間和經費。在不設置梯度的情況下，梯度PCR儀也可以做普通PCR擴增。
該儀器主要應用于科研，教學機構，醫學臨床研究，高等院校，病毒分析，疾控中心等。
原位PCR儀
它是由主機，加熱模塊，玻片，熱蓋，控制軟件組成。主要是應用對細胞或組織內的DNA的片段進行原位擴增分析-即定位分析，如病源基因在細胞的位置或目的基因在細胞內的作用位置等。是保持細胞或組織的完整性，使PCR反應體系滲透到組織和細胞中，在細胞的靶DNA所在的位置上進行基因擴增，不但可以檢測到靶DNA，又能標出靶序列在細胞內的位置，于分子和細胞水平上研究疾病的發病機理和臨床過程及病理的轉變有重大的實用價值。它無需將細胞破碎提取DNA，細胞內有DNA酶的作用擴增受到一定的影響，使用不是很普遍。
該儀器主要應用于醫學臨床研究，如癌細胞等。
實時熒光定量PCR儀
在普通PCR儀的基礎上增加一個熒光信號采集系統和計算機分析處理系統，就成了熒光定量PCR儀。
其PCR擴增原理和普通PCR儀擴增原理相同，只是PCR擴增時加入的引物是利用同位素、熒光素等進行標記，使用引物和熒光探針同時與模板特異性結合擴增。擴增的結果通過熒光信號采集系統實時采集信號連接輸送到計算機分析處理系統得出量化的實時結果輸出。把這PCR儀叫做實時熒光定量PCR儀。熒光定量PCR儀有單通道，雙通道，和多通道。當只用一種熒光探針標記的時候，選用單通道，有多熒光標記的時候用多通道。單通道也可以檢測多熒光的標記的目的基因表達產物，因為一次只能檢測一種目的基因的擴增量，需多次擴增才能檢測完不同的目的基因片段的量。多色多通道檢測是當今的主流趨勢--儀器的激發通道越多，儀器適用的熒光素種類越多，儀器適用范圍就越寬；多通道指可同時檢測一個樣品中的多種熒光，儀器就可以同時檢測單管內多模版或者內標+樣品，通道越多，儀器適用范圍越寬、性能就更強大，價格也較為為昂貴。
該儀器主要應用于醫學臨床檢測，生物醫藥研發，食品行業，科研院校等機構。如動物疾病檢測：禽流感、新城疫、口蹄疫、豬瘟、沙門菌、大腸埃希菌、胸膜肺炎放線桿菌、寄生蟲病等、炭疽芽孢桿菌。食品安全：食源微生物、食品過敏源、轉基因、乳品企業阪崎腸桿菌等檢測。科學研究：醫學、農牧、生物相關分子生物學定量研究、大學及研究所等。
